Am Christoph-Scheiner-Gymnasium kann  der Schüler ab der 8. Jahrgangsstufe zwischen zwei Zweigen wählen, nämlich dem naturwissenschaftlich-technologischen (NTG)  und demsprachlichen Zweig (SG).

Bis zur Einführung des G 8 hatte der naturwissenschaftlich-technologische Zweig einen anderen Namen, nämlich "mathematisch-naturwissenschaftliches Gymnasium", das aus der alten "Oberrealschule" hervorgegangen ist. Das Kultusministerium hat die Mathematik bewusst nicht mehr in die neue Bezeichnung des Zweiges integriert, denn zum einen ist die Mathematik eine Geistes- und keine Naturwissenschaft, zum anderen ist die Zahl der Wochenstunden in Mathematik in allen anderen Zweigen dieselbe wie im naturwissenschaftlich-technologischen, d.h. die Schüler haben 3, 4 und 3 Wochenstunden Mathematik in den Jahrgangsstufen 8 bis 10.

Während die Schüler des Sprachlichen Gymnasiums in der 8. Jahrgangstufe mit der 3. Fremdsprache (4 Wochenstunden) beginnen, hat der Schüler im NTG in der 8. Klasse 2 Wochenstunden Chemie und zusätzlich 2 Profilstunden zur Vertiefung chemischer und physikalischer Inhalte. In der 9. und 10. Jahrgangsstufe wird das Fach Informatik mit je 2 Wochenstunden unterrichtet.

Vorrangiges übergreifendes Lernziel im NTG ist die Zusammenschau grundlegender Erkenntnisse aus Chemie, Physik und auch Biologie unter Anwendung von Methoden der Informatik und der Mathematik. Die Schüler sollen die Vernetzung zwischen diesen Disziplinen erkennen und so in die Lage versetzt werden, ein rationales, wissenschaftlich begründetes Weltbild aufzubauen.

Charakteristisch für den sprachlichen Zweig ist die 3. Fremdsprache, die der Schüler ab der 8. Jahrgangsstufe wählt. Am CSG kann er sich dabei zwischen Französisch und Russisch entscheiden. Latein als 2. Fremdsprache kann also mit der 3. Fremdsprache Französisch oder Russisch verbunden werden. Hat der Schüler Französisch als 2. Fremdsprache, kann er sich noch für Russisch als 3. Fremdsprache entscheiden.

Das CSG ist darüber hinaus eine von den wenigen Schulen, an denen man ohne Latein vier moderne Fremdsprachen erlernen kann, nämlich Englisch, Französisch, Russisch und Spanisch (als spät beginnende Fremdsprache).

In den Jahrgangsstufen 10-12 kann ein Schüler nämlich – unabhängig von dem jeweiligen Zweig – die 1. Fremdsprache Englisch gegen Spanisch eintauschen. Wenn er will, kann er durch einen Überbrückungskurs während der 10. Klasse sowohl Englisch als auch Spanisch für die beiden letzten Jahre vor dem Abitur belegen. Sowohl in der westlichen als auch in der östlichen Hemisphäre kann sich also ein Abiturient mit diesen vier modernen Fremdsprachen bestens bewegen.